Menjadi pastor

Pada tanggal 8 Agustus 1933 Soegijapranata dan dua pastor lain berangkat dari Belanda menuju Hindia-Belanda; Soegijapranata ditugaskan di paroki Kidul Loji di Yogyakarta, dekat Kraton.^[33] ia bertugas sebagai pembantu Pr. van Driessche, salah satu gurunya dari Xaverius.^[34] Dari romo yang lebih tua itu, Soegijapranata belajar bagaimana menangani keperluan paroki, sementara van Driessche kemungkinan besar menugaskan Soegijapranata untuk berkhotbah kepada warga kota pribumi yang Katolik.^[c][35]

Gereja paroki di Ganjuran, tempat Soegijapranata bertugas sekaligus dengan Bintaran

Setelah Gereja Santo Yoseph di Bintaran, sekitar satu kilometer dari Kidul Loji, buka pada bulan April 1934, Soegijapranata dipindahtugaskan ke sana sebagai pastor utama;^[36][3] gereja itu terutama dimaksud kalangan pribumi.^[6] Bintaran pada saat itu merupakan satu dari empat paroki di kota Yogyakarta pada saat itu, bersama dengan Kidul Loji, Kotabaru, dan Pugeran; setiap gereja paroki melayani daerah yang luas, dan pastor dari gereja paroki juga ikut serta berkhotbah di gereja yang jauh dari kota. Setelah van Driessche meninggal pada bulan Juni 1934, tugas Soegijapranata ditambah lagi dengan desa Ganjuran, Bantul, sekitar 20 kilometer selatan kota Yogyakarta. Daerah itu merupakan tempat tinggal untuk lebih dari seribu orang Katolik pribumi.^[37][38] Soegijapranata juga menjadi penasihat untuk berbagai kelompok, serta mendirikan sebuah koperasi untuk masyarakat Katolik.^[39]

Pada saat itu Gereja Katolik di Indonesia kesulitan dengan mempertahankan orang Katolik baru: orang Jawa yang sudah pindah agama saat sekolah terkadang-kadang menjadi Muslim lagi setelah mengalami pengasingan dari teman-teman atau keluarga mereka. Dalam sebuah pertemuan pada tahun 1935, Soegijapranata menyatakan bahwa hal tersebut disebabkan tidak adanya rasa identitas Katolik, atausensus Catholicus, serta sedikitnya pernikahan antara orang Katolik. Soegijapranata menolak pernikahan antara orang Katolik dan yang bukan Katolik,^[40] dan mulai menjadi penasihat untuk pasangan Katolik muda sebelum mereka menikah; ia percaya bahwa pernikahan antara orang Katolik akan mengeratkan hubungan antara keluarga Katolik di Yogyakarta.^[41] Soegijapranata terus menulis untuk Swaratama dan menjabat sebagai redaktur.^[39]Pada tahun 1938 Soegijapranata dipilih sebagai penasihat untuk Serikat Yesus dan mengkoordinasikan karya Yesuit di Hindia-Belanda.^[42]